基層黨組織領導力、凝聚力、戰斗力存在不足。
一是部分基層黨組織職責“虛化”。部分基層黨組織“政治意識、大局意識、核心意識、看齊意識”不強，選擇性的落實上級要求，致使有的上級決策部署執行不到位。履行黨建主體責任時往往停留在嘴上多，落實到行動上少，致使黨組織的政治工作懸浮在鄉鎮。
二是部分基層黨組織作用發揮“弱化”。有些基層黨組織抬頭看“天”多，低頭看“地”少。很少關心基層黨員和群眾的工作和生活，工作重心沒放在給老百姓辦實事上，有的基層黨員受思想、年齡、能力等因素影響，沒有在致富中走在前、發揮帶頭作用，致使基層黨組織缺乏威信。
三是黨員隊伍青黃不接。黨支部書記隊伍普遍年齡老化、文化程度偏低。同時受城鎮化進程影響，農村“空心化”問題嚴重，絕大部分青壯年外出打工，農村人才流失嚴重，后備人才急缺，經常出現“有事老的出不了門，年輕的常年找不著人”的現象。如果不能有效的抑制和解決農村人口不斷外流的問題，農村基層黨組織的后備隊伍建設將無法得到有效的支撐，農村基層治理也很難達到理想的效果。大量農村青壯年勞動力流失，導致在傳達落實上級政策部署、組織村民和多方力量自治、開展生產增收活動中力不從心，進而減弱了基層黨組織的領導力、凝聚力和戰斗力，最終局限了農村基層黨組織在農村基層治理中的作用。
基層黨組織覆蓋率有待提高。農村基層治理是一個涉及方方面面、多個群體的系統性工程，而廣大基層黨組織作為基層治理的領導力量，必須充當“領頭羊”的角色，讓基層黨組織書記成為鄉村振興的“主心骨”。
然而，在農村基層治理中黨的全面領導作用之所以很難得到充分發揮，很大程度上受限于目前農村基層組織覆蓋率低。
一是農村基層發展黨員困難。黨員干部的先鋒模范、致富引領作用對農村的治理和發展至關重要。有的農村村支部書記思想落后，怕年輕人取代其位置，所以常年不發展黨員。有的村受到城鎮化進程影響，村里沒有合適的人可以被發展為黨員。現在農村的基本社會結構發生了很大變化，留守農村的多是老人、婦女、孩子和少部分中青年，絕大部分青壯年外出打工。但是鑒于老人、婦女和孩子的經濟基礎和人際關系交往等偏薄弱，基層黨建和基層治理的重任很難交予他們。
二是存在基層黨員流動性大，不能有效發揮作用的現狀。隨著經濟社會的發展，大量農村黨員外出務工，流動黨員的規模和數量越來越大。因為流動頻繁、制度缺失、管理不規范等諸多因素，部分農村流動黨員成了“失聯黨員”“口袋黨員”，黨員在農村基層治理中的作用發揮更無從談起。
三是部分基層黨組織書記綜合素質偏低，存在年齡偏大、學歷水平低、能力差的狀況。受城鎮化進程的影響，多是年齡偏大、文化程度較低的黨員擔任農村基層黨組織書記。部分黨組織書記思想固化、創新意識缺乏，無法深入領會落實中央省市縣關于基層治理的政策部署。
四是基層黨組織的吸引力下降。受多方文化的影響，農村傳統思想受到沖擊，部分農村出現私利文化盛行現象；部分黨員進取精神和開拓意識不足，自認為同于一般群眾，沒有發揮黨員的模范帶頭作用。諸多因素造成基層黨組織吸引力下降，基層黨組織吸引力的下降，直接關系基層黨組織的凝聚功能。
總之，受領導力、凝聚力等因素的限制，部分農村基層黨組織的作用難以充分有效發揮。而以其作為平臺的駐村干部受到一定程度的影響，難以發揮其應有的幫扶、引導作用。
